По инициативе народного комиссара

3 марта 1944 года для героев ВМФ были учреждены не только ордена, но и медали. Медаль Ушакова являлась аналогом уже существовавшей к тому времени медали «За отвагу».
За мужество и отвагу ею награждались матросы и солдаты, старшины и сержанты, мичманы и прапорщики флота и морских частей пограничных войск и как исключение – младшие офицеры по просьбам матросских коллективов.
Медаль Ушакова носится на левой стороне груди и при наличии других медалей СССР располагается после медали «За отвагу».
Инициатором создания награды стал нарком ВМФ СССР адмирал Николай Кузнецов.
Всего было произведено более 16 тысяч награждений. Первые из них состоялись в том же 1944 году: на Черноморском флоте – 20 апреля, на Северном флоте – 26 мая, на Балтийском флоте – 26 июня. В период Великой Отечественной войны право награждения медалью от имени Президиума Верховного Совета СССР предоставлялось ряду лиц командного состава ВМФ СССР.

Старшина второй статьи Евгений Кутышев — кавалер двух медалей Ушакова

Среди награжденных медалью Ушакова был Герой Советского Союза, старшина 1-й статьи Григорий Давиденко. Некоторые воины удостаивались подобного знака отличия неоднократно.
Дважды кавалерами медали Ушакова являются Денис Еременко, Павел Кузьмич Кладиев, Александр Павлович Федоренко, Василий Павлович Борисов и Евгений Кутышев.
Кроме моряков ВМФ СССР, указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 июля 1945 года медалью Ушакова были награждены пять моряков ВМС США. Хотя награда учреждалась как военная, согласно регламентирующим документам ее можно было присваивать и в мирное время.